但是同治也是不幸的，第一大不幸，幼年丧父，六岁父亲就死了，第二大不幸，童年就被放到宝座上，不能享受童真之乐。六岁的孩子，周岁才五岁，放到那座上，那幼儿园的孩子，老师给他讲故事，他还淘气他还动呢，他不能动，大臣的奏章他哪懂，他根本不懂啊，奏呈国家大事，任命官员，那你也得坐着，你不能动，这是一种莫大的痛苦和折磨。第三大不幸，跟他母后关系不好，经常受到训斥。第四大不幸婚姻不如意，他想娶的不行，不想娶的，指配给你。第五大不幸，才十九岁，就一命黄泉了。
在正史上没有详细记载同治帝的死因，但民间流传了一些说法。《桃花圣解庵日记》里记载同治帝因为沉迷于男宠，得了梅毒而死，《四朝佚闻》里记载他是因为感染了天花。
史书评价：穆宗冲龄即阼，母后垂帘。国运中兴，十年之间，盗贼划平，中外乂安。非夫宫府一体，将相协和，何以臻兹？泊帝亲裁大政，不自暇逸。遇变修省，至勤也。闻灾蠲恤，至仁也。不言符瑞，至明也。藉使蕲至中寿，日新而光大之，庸讵不与前古媲隆。顾乃奄弃臣民，未竟所施，惜哉！
纵观大清泱泱十二帝，同治皇帝确是去世年龄最小的一位。世人皆叹同治皇帝可悲可怜，短暂一生无所作为。
慈禧一行先抵亲师以建军雷不及掩耳之势，将八大臣拿获，以“图谋不轨”之罪，斩首的斩首，赐死的赐死，革职的革职，废除了“祺祥”年号，十月九日载淳即帝位，改元“同治”，寓两太后同时治理天下之意，两太后破祖制，。
其实同治皇帝并不真是无所作为，在其在位期间，出现了同治新政。同治朝遇上了难得的历史机遇：在国内处于“太平天国”与“义和团”两次重大社会动荡之间，在国际处于英法联军与八国联军两次入侵之间，如同处在两次大风暴中间的缓冲期。同治之前的道光、咸丰，之后的光绪、宣统，都没有这样的有利条件。这就给同治朝实行新政提供了难得的机遇。日本明治维新也正在此时。两宫太后垂帘听政、议政王奕主持政务，互相配合，推行新政。
同治皇帝的死因按照清朝皇室对外的官方口径，他应该和入关的顺治爷一样，都是死于天花。然而数百年来，民间却有一种声音，固执地认为，他的死却另有缘由。
坊间经常有流闻传出，当年的慈禧，根本无力管住生性顽劣的同治皇帝，只能任由他借着微服出巡的机会，跑到烟花柳巷去孟浪。
死于梅毒 同治皇帝可能是众多皇帝中最失意的皇帝之一了，因为他虽然身为皇帝，但朝廷政事处处全部都有别人做主，自己完全不能下手。同治帝喜欢皇后阿鲁特氏。而慈禧太后要同治帝多接近慧妃。同治皇帝心里不高兴，经常独处乾清宫。
民间的这种声音之所以会数百年经久不息，自然是无风不起浪。当时的大清子民，不止一次见到这位皇帝。由此可见同治皇帝出宫次数，可真是不计其数了。
同治皇帝死于花柳病的说法主要见诸于一些野史小报。当时在北京的外国医学团体有一份内部报告，里面推断同治帝早在去世四五年前就染上了花柳病，后因治疗不得当，最终导致病情恶化而身亡。不过，这个外国医学团体中的人并没有亲自。
同治皇帝的具体死因，当时为其诊治的太医的供述，应该是最有说服力的。李镇的曾祖李德立，就是当时为皇帝看病的主治医师，包括前文所述的治疗档案中的药方，都是他亲手所开。李镇没有见过曾祖，但从祖父那里，他得到的答案，却让人大吃一惊。因为他的祖父亲口告诉他，皇帝的死因，不是天花，而是梅毒。
李德立当年进宫为皇帝看病的时候，其实同治皇帝已经到了梅毒晚期，所以这位太医一看皇帝流脓不止、奇臭难闻，便知是梅毒无疑。然而关系皇帝的事情非同小可，他与另一位太医张本仁共同会诊后，虽然都心知肚明，但却只敢按天花来治。因为其时宫里都说，皇帝是出水痘了，他们有几个脑袋，敢把这事抖出去？慈禧奈何不了同治皇帝，但想要两个太医的小命，那实在是太容易了。
也因为同治皇帝患了有碍皇室颜面的不治之症，当时虽然有人参赅他们两位太医没有对策下药的奏折，但其中却是语蔫不详。更是让人确信，李德立所言非虚。这份奏折更像是在为皇家遮羞。因为同治皇帝虽然死了，但李德立等人却仍然可以戴罪当差，这根本不是误诊治死应有的惩戒，可见同治皇帝死于梅毒，已经是大概率的事情了。
清穆宗，爱新觉罗·载淳，清朝第十位皇帝，也就是同治帝，死于花柳病。同治帝感染梅毒而死的说法的来源：1.民间流传最广的就是同治死于梅毒。根据小横香室主人所撰《清朝野史大观》中「清宫遗闻」就记载同治到私娼处，致染。
