大蛇丸黑化分为3个阶段，父母双亡30%，绳树之死60%，他的死亡100%
在火影忍者世界中，大蛇丸一直以来都扮演着“坏蛋”的角色，因为他做过很多让人无法原谅的事情，比如做各种人体试验，克隆实验，细胞移植手术，秽土转生等，这种种行为都是有违人伦的。然而随着剧情的进一步发展，我们却发现，大蛇丸之所以会变成如今这副模样，其实是有阶段性的，一开始他也一个爱着木叶村的忍天才者。
第一阶段，悲惨的身世。大蛇丸的父母在他出生之后就因为战争而死去了，留下他一个人孤独的生活，他的童年其实和鸣人非常相似，可是他比鸣人更加懂事，知道只有变强才能改变命运。所以他从小就很认真的学习忍术，加上天资聪慧，他比一般小孩更加优秀，也被三代目火影宠爱。
然而悲惨的身世却一直影响着他，没有父爱母爱的大蛇丸，从出生起就没有感受过温暖，所以也养成了他孤僻无情的性格，失去父母的影响是深刻的，所以大蛇丸从懂事起就已经开始黑化了，只不过此时他的黑化程度只有30%，还没有很严重。
第二阶段，目睹伙伴死去。成为忍者之后，大蛇丸和纲手，大蛇丸三个徒弟合照，自来也组成了队伍，他们经历过第二次忍者大战，所以见惯了各种生离死别，在这个过程中大蛇丸也一直在思考，为何人类的生命那么脆弱，尤其当纲手的弟弟绳树死去之后，纲手提出了给小队配一个医疗忍者的时候，遭到了高层的反对，心中的疑惑就更深了。
他开始想要去了解，战争对人类到底有什么好处？除了死亡之外，只有无尽的伤痛，所以他慢慢地开始着手做各种研究，一开始还是比较正常的研究，比如研究什么忍术可以更快更好的杀死敌人，这个时候的大蛇丸黑化程度已经攀升到60%了。
大蛇丸是被佐助杀死的。在334集的时候，大蛇丸想要佐助的身体，所以佐助要动手杀他，但最后大蛇丸在自己制造的空间里侵噬了佐助，就在大蛇丸转身的时候，佐助利用自己的写轮眼，反侵噬了大蛇丸，然后把大蛇丸的力量夺了去。
第三阶段，纲手的离去。在一次意外中，纲手的恋人加藤断重伤死去，他看着队友趴在恋人的尸体前痛哭流涕，而所有人都束手无策。之后纲手对村子失去希望，于是辞去了职务开始云游四海，而自来也因为纲手的离去也选择了成为一名作家，远离了战场。所以只剩下大蛇丸一人还留在村子当忍者。
因为看到了父母及同伴一个个的死亡，本身善良的大蛇丸感觉受到了生命的脆弱，感觉到人生的短暂，而大蛇丸本身热爱研究术，所以便开始研究不老不死之术以及复活亡者的术。木叶三忍 在第二次忍界大战中，大蛇丸和自来也、纲手。
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