1. PCR 引物设计-Primer Primer
Primer Premier 是一款由加拿大的 Premier 公司开发的专业用于 PCR 或测序引物以及杂交探针的设计、评估的软件。其主要界面是分为序列编辑窗口（Genetank），引物设计窗口（Primer Design），酶切分析窗口（Restriction Sites）和 Motif 分析窗口。
primer-design
方法一：使用Vector NT 软件 做分子实验，经常和不同的质粒打交道，了解各种质粒的图谱信息是必需的，invitrogen公司的这款软件绝对是分子生物学虫子们的福音，要想对质粒图谱了解更直观，安装这款软件是非常必要的。这款软件。
Primer Premier 软件的主要功能分四种：引物设计、限制性内切酶位点分析、DNA 基元（motif）查找和同源性分析功能。此外，该软件还有一些特殊功能：简并引物设计，质粒结构图解，序列&34;、DNA 与蛋白序列的互换、语音提示键盘输入等等。，
目前最常用的版本是 Primer Primer5.0，新版已更新到6.24且更加智能。其实小编也只是用过比较常规的模板，比如常规 PCR 引物设计。更多的功能还希望同学们多多留言与我一起分享心得。
在这里推荐几个常用的引物设计网站：
① Primer3/Primer3Plus — 使用广泛、操作简单
② Primer-BLAST — NCBI 的引物设计和特异性检验工具
企业回蛋白质污染 建议：选择推荐量的菌体，离心后小心吸取上清，如果上清液中混有悬浮物，可再次离心，以彻底去除蛋白。另外如果用ddH2O作为稀释溶液,测定OD比值，比值可能较低，造成蛋白污染的假象，可用pH8.0的TEBuffer来稀释。 RNA污染 建议：检查。
用于在线设计聚合酶链反应（PCR）的特异性寡核苷酸引物，这个工具同时兼具了Primer3 和 NCBI 的 Blast 功能。
找到自己需要的质粒名称，点击进入，就可以看到质粒图谱了。如何阅读质粒图谱第一步：首先看Ori的位置，了解质粒的类型（原核/真核/穿梭质粒）第二步：再看筛选标记，如抗性，决定使用什么筛选标记。（1）Ampr 水解β－内酰胺。
③ GeneFisher —简并引物的设计工具
引物设计的注意事项
① 引物的长度一般为15-30 bp，最好在18~24 bp，因为太短易形成错配(False priming) 降低特异性，而太长也会降低特异性，并且降低产量。
② 引物在模板内最好具有单一性，也就是说在模板内部没有错配。特别是3’端，一定要避免连续4个以上的碱基互补错配。
③ 引物序列的 GC 含量最好在40％一60％，且上下游引物序列 GC 含量的差异不要太大，3’端最后5个碱基最好不要富含 GC，特别是连续3个的 G 或 C。
④ 引物所在的模板区域应该位于外显子区，最好跨越一个内含子区，这样便于对扩增出来的片段进行功能鉴定和表型分析。
⑤ 如果以 DNA 为模板设计引物，产物长度在100—600 bp 比较理想。而以 mRNA 为模板设计引物时，产物长度在150—300 bp 比较理想。
⑥ 5’ 端对 PCR 影响不太大，可以引进修饰位点和标记物。
2. 质粒图谱查询 — Vector NTI
Vector NTI Advance 11.5 是目前整合度最高，使用的最高的多功能桌面序列分析软件包，包含了一整套数据分析和管理的工具。可以查看质粒图谱查看和编辑、序列比对等。
Vector NTI Advance
和 Primer Premier 5 一样，是很多的分子生物学实验室的标配。Vector NTI 最新的版本11.5是2010年发布，更多版本的请参照链接
3. 质粒图谱查询 — Snapgene
Snapgene 可以做质粒图谱、直观的查找酶切位点、标记基因片段属性、直观查看引物所在位置，查看开放阅读框所编码氨基酸，还可以进行多序列比对、自动引物设计、支持 Gibson Assembly、直接导入 Genbank 序列号等。当然正版软件价格也很贵，单一授权$350/年，或$750/永久。详情可登录官网进行查询：
融合克隆模拟--质粒图谱分析
Snapgene 功能十分强大，比如可以用来模拟建立克隆，这使得我们设计建立克隆方案更加简便，如果克隆过程设计方案有缺陷，我们可以借助模拟发现并做出纠正。 Snapgene 可以模拟的标准限制性克隆，也可以模拟融合克隆。上图就是在 product 选项卡点击 Choose Overlapping PCR Primers，即可设计好引物，形成融合后的质粒图谱。
4. 蛋白相关
① 由 NCBI 检索蛋白质序列
② 利用 SRS 系统从 EMBL 检索蛋白质序列
2. 抗生素抗性基因 可以便于加以检测，如Amp+ ,Kan+ 3. 多克隆位点MCS 克隆携带外源基因片段 4. P/E 启动子/增强子 5. Terms 终止信号 6. 加poly(A)信号 可以起到稳定mRNA作用如何阅读质粒图谱 第一步：首先看Ori。
可利用 EMBL 的 SRS 系统进行蛋白质序列的检索。
③ 蛋白质功能预测
个人认为，看质粒图谱，1，该质粒的用途：筛选，扩增，表达，还是报告？用一种低拷贝数的质粒来扩增目的片段显然不如高拷贝的质粒效率高；2，质粒的宿主：原核质粒？酵母质粒？真核细胞质粒？3，使用有无特殊要求：抗性，营。
基于 NCBI/BLAST软件的蛋白序列同源性分析类似于核酸序列同源性分析，可以直接将待分析的蛋白质序列输入 NCBI/BLAST （www.ncbi.nlm.gov/blast），选择程序 BLASTP进行分析。
5. 数据分析 - Origin
Origin，也有小伙伴叫它橙子，是由 OriginLab 公司开发的一个科学绘图、数据分析软件，只支持在 Microsoft Windows下运行，支持各种各样的 2D/3D 图形。Origin 中的数据分析功能包括统计，信号处理，曲线拟合以及峰值分析；支持多种格式的数据，包括 ASCII、Excel、DIADem、NetCDF、SPC 等等。曲线拟合是采用基于 Levernberg-Marquardt 算法（LMA）的非线性最小二乘法拟合。翻译过来就是操作简单，页面简洁，适合初学者使用。
