原发性临床甲减的治疗目标是甲减的症状和体征消失，血清TSH、FT4、TT4维持在正常范围。继发于下丘脑和/或垂体的甲减，其治疗目标非血清TSH，而是FT4、TT4达到正常范围。
一般治疗
注意保暖，避免感染等各种应激状态。有贫血者可补充铁剂、维生素B12和叶酸，缺碘者应补碘。
药物治疗
主要采用左甲状腺素（L-T4）单药替代治疗，一般需要终生用药。但是，也有桥本甲状腺炎所致甲减自发缓解的报道。
总甲状腺素偏低，常伴促甲状腺素即TSH增高，属于原发性甲减，原发性甲减应补充甲状腺素，把甲状腺素补充到正常范围，把TSH亦调整到正常范围，总甲状腺素偏低即甲减。总甲状腺素是甲状腺功能的检查项目之一。因总甲状腺素经常受。
起始剂量和达到完全替代剂量所需时间要根据患者年龄、心脏状态、特定状况确定。年轻体健的成年人可以完全替代剂量起始；一般人群起始剂量25~50 μg/d，甲状腺激素偏低怎么改善，每3~7天增加25 μg，直至需要的剂量；老年人、有心脏病者应小剂量起始，如12.5 μg/d起始，缓慢加量，如每1~2周增加12.5 μg。妊娠妇女则应完全替代剂量起始或尽快增至治疗剂量。
亚临床甲减的治疗
我们把血清甲状腺激素（T4、T3、FT4、FT3）正常而促甲状腺激素升高的情况称为亚临床甲减。
促甲状腺激素偏低是属于甲亢的症状，甲亢可以采取甲巯咪唑和丙硫氧嘧啶等药物进行治疗，不过在服药之间，要进行肝功能、血常规等检查，然后在确定服药量。对于心率不齐的促甲状腺激素偏低患者，可以服用稳定心率的药物，比如普萘洛。
亚临床甲减可导致血脂异常，促进动脉粥样硬化的发生、发展；部分亚临床甲减可发展为临床甲减。
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甲状腺功能正常的患者一般无需L-T4或应用免疫调节药物治疗。
出现甲状腺功能低下的患者，应注意需要终身服药，同时还需要定期进行复查甲状腺的功能，它属于一种常见的内分泌疾病。如果患者的症状属于轻微型的病症，可通过口服左甲状腺素钠片进行治疗，但是如果对于中、重型的合并多种疾病的。
轻度亚临床甲减（TSH<10.0 mIU/L）患者，如果伴有甲减症状、TPOAb阳性、血脂异常或动脉粥样硬化性疾病，应予L-T4治疗。
重度亚临床甲减（TSH≥10.0 mIU/L）患者，建议给予L-T4替代治疗，治疗的目标与临床甲减一致。治疗过程中要监测血清TSH，以避免过度治疗。
老年亚临床甲减患者的治疗目前存在争议，治疗应谨慎选择，治疗后TSH控制目标要适当放宽。
妊娠期甲减的治疗
L-T4是治疗妊娠期甲减和亚临床甲减的首选药物。
黏液性水肿昏迷的治疗
