GO|KEGG圈图
小伙伴们，大家好，欢迎来到小洋专栏！不知道上期的PCA和UMAP图大家学会了嘛？这一期，小洋将向大家介绍如何利用仙桃学术工具来进行GO|KEGG圈图的绘制。
基本概念
1、先画上部 我们先用画笔画出最上方的部分。2、柱身部分 向下画出柱身的部分，两侧要圆滑。3、花纹的绘制 接着画柱身上的花纹 4、下方台子 在下方画上台子，画一个简单的长方体，注意角度。5、上色 画完之后，我们。
富集分析：简单而言，就是拿一堆有功能注释的分子与所有有功能注释的分子去比较（超几何分布检验），三秒画天青牛蟒，确定那一堆中都涉及了哪些功能作用。单独几个分子做富集分析意义并不大。，
GO（Gene Ontology，基因本体）数据库：把基因的功能分成了三类：生物过程（biological process，BP）、细胞组分（cellular component，CC）、分子功能（molecular function，MF）。利用 GO 数据库，可以得到目标基因在 CC，MF和 BP 三个层面上有什么关联。
KEGG 数据库：一种通路数据库，收集了很多通路相关的数据库。通路数据库还包括 wikipathway，reactome 等。
应用场景
1、首先画出柱子的长方体底座，上边的边线要空出来。2、往上画出柱子轮廓后，再将底座边线补充完整，并在柱子上方画出一个圆环。3、然后继续往上画出第二个圆环后，再在上面画出一个圆形的大球。4、最后将底座涂上灰。
这个模块为 GO|KEGG 富集分析后结果的圈图可视化。
注意：这个模块需要先进行 GO|KEGG(联合logFC)的富集分析(不是 GO|KEGG 富集分析模块) 并保存结果后，此处的云端数据才会有结果记录，然后才能进行可视化的操作。右侧的基本参数中有 ID 列表输入框，可以将对应云端数据记录的富集分析表格中的感兴趣的 ID 列复制到此处，进行可视化。
首先画两个方框，一上一下，代表柱子的底座。然后画出顶部，顶部不要画的太高了，要比底座小一些。② 然后将柱子画出来，整个柱子的轮廓就完成了。③ 柱子旁边有两个小翅膀，将翅膀画出来，不用太复杂。画出来之后上色。
主要结果
图可以分为内圈和外圈两个部分，内圈的每个柱子对应一个条目，高度为p.adj 的相对大小，越高说明该 ID 的 p.adjust 越小。柱子对应填充的颜色代表条目对应的 zscore 值。
CAD平面柱子画法1：先用矩形画一个正方形，然后用填充来给正方形填充颜色，填充的快捷键为H。如果要对齐的话，可以用块来做，把基点定位在柱子的中点，然后在插入块就可以了。CAD平面柱子画法2：只要是能画出方形，圆形及。
zscore 的计算方法来自 GOplot 包，计算方法见下：
其中，这里的Up\ Down 代表对应条目分子的 logFC 为正以及为负分别对应数量，Counts 代表条目对应的分子总数。
如果 zscore 为正，说明对应的条目可能是正调节，如果为负，对应条目可能是负调节；绝对值越大，说明高表达分子和低表达分子的数量差相对比较大，说明调节程度可能更高。
外圈为条目中包含的分子，不同的高度代表对应的 logFC 值，同时 logFC为正的分子被标记成 Up，logFC 为负的分子被标记成 Down，同时填充不同的颜色。
这个图的作用除了展示条目的 p.adj（柱子高低），还会同时展示每个条目对应的分子的 logFC 情况（如果同为 Up 或者同为 Down 的分子越多，则对应的柱子的颜色越深，靠一边的分子越多）。
云端数据
这里的云端数据与历史记录中 GO|KEGG（联合 logFC）模块的数据记录是保持一致的，可以在历史记录中找到相应的数据记录。
根据需要可视化的项目 选择好对应的云端数据记录。
1. 先用画笔画出最上方的部分。2. 向下画出柱身的部分，两侧要圆滑。3. 接着画柱身上的花纹。4. 在下方画上台子，画一个简单的长方体，注意角度。5.画完后上色。拓展：1.华表是一种巨大石柱，主要用来做古代宫殿。
实战演练
下面让我们来看一篇2022年2月发表在“American Journal of Translational Research”（IF= 4.06）杂志上的一篇文章。题名为“Integrated analysis of differentially expressed genes and a ceRNA network to identify hub lncRNAs and potential drugs for multiple sclerosis”。
期刊简介
使用工具
仙桃学术（）
图形复现
复现过程
进入仙桃学术，点击【生信工具】
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【功能聚类（圈）】 → 【GO|KEGG】 →【圈图】→ 云端数据
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好啦，本期有关GO|KEGG圈图的相关内容就介绍到这里，希望对大家的科研工作有所帮助。我是小洋，我们下期再见~
首先画出柱子的长方体底座，上边的边线要空出来。往上画出柱子轮廓后，再将底座边线补充完整，柱子上方画出一个圆环。然后继续往上画出第二个圆环后，再在上面画出一个圆形的大球。最后将底座涂上灰色，柱身涂上浅灰色。
